2005年2月17日，国家教育部正式批准在万州卫生学校和万县中医药学校合并基础上建立重庆三峡医药高等专科学校。
 　教育部的通知同时撤销万州卫生学校、万县中医药学校的建制，并指出重庆三峡医药高等专科学校系专科层次的普通高等学校，实行重庆市与万州区人民政府共建、以万州区为主的管理体制。学校全日制在校生规模暂定为6000人，这是当时医药类高等专科学校招生计划最多的，充分体现了国家对库区的政策支持。